（一）菌丝体
菌丝体是菇菌的营养器官，它是菇菌的主体。菌丝体是由无数纤细的菌丝组成。它在基质中蔓延生长，摄取水分、无机和有机营养物质，一边吸取基质中的养分，一边繁殖向四周扩展，并在一定季节、一定的发育阶段产生繁殖器官——子实体。如果条件合适，它就可以无止境地生活下去。食用菌菌丝可分为：第一次菌丝又称初级菌丝、单核菌丝，每个细胞中只含有一个细胞核。初级菌丝不会产生子实体。单枚菌丝发育到一定阶段，两个单核菌丝体的细胞质融合在一起，变成双核细胞。这也称二次菌丝或双核菌丝、次生菌丝或异核菌丝。双核细胞内含有两个遗传性不同的细胞核，在菌丝细胞横隔膜上方有布扣状的锁状联合，有产子实体的能力。第三次菌丝又称结实性双核菌丝或三生菌丝，它已不是散生的、无组织的双核菌丝，而是有一定结构；形成菇耳子实体的双核菌丝。在某个阶段发育有多枚菌丝。通常，菌丝较细的食用菌（如香菇、黑木耳），双核菌丝有锁状联合；菌丝较粗的食用菌（如蘑菇、草菇），双核菌丝上就没有锁状联合。
有些种类的菌丝体有发光的特性（如蜜环菌），多数无这种特性。有些种类还会形成厚垣孢子、粉孢子、节孢子菌索、菌核等无性繁殖器官。
（二）子实体
菌丝生长后期，即生理成熟阶段，菌丝体局部膨大，而成为许多小瘤状的菌蕾，或叫子实体原基。原基中菌丝细胞迅速生长，体积逐渐增大，并不断分化发育，形成菌柄和菌盖。在苗盖下方也逐渐分化出菌褶，菌褶上形成子实层。子实体这部分是人们食用的，也是食用菌的繁殖器官，只有在特定的季节里才会出现，而且寿命长短不一，有些种类甚至能活几周。 常见伞菌的子实体；是由菌盖、菌褶、菌柄和其他附属物组成的。这种附属物生长在菌柄上，即菌坏和菌托。但有的种类既有菌环、又有菌托，有的种类则两者皆无。菌环生于菌柄上，菌托生于菌柄基部
耳类的子实体（包括银耳、黑木耳、毛木耳）是由胶质化的菌丝组成。 形态有：耳状、花瓣状、牡丹花状、菊花状等。耳片的最表层，是由担子和侧丝紧密排列而成的子实层。耳片的中间有一至数层的层带。
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